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• 2026.09.16

令和9年1月から年末調整後の税務署への源泉徴収票提出方法が変わります

令和8年分の年末調整に関わる改正として、給与所得の源泉徴収票について「みなし提出の特例」が新たに設けられました。対象となるのは、令和9年1月1日以後に提出すべき令和8年分以後の源泉徴収票です。毎年1月末の提出期限に向けて行う事務に直接関わる内容ですので、今回は、改正の概要と実務上の留意点について紹介します。

給与支払報告書を提出すれば、源泉徴収票の税務署への提出は不要に

改正後は、給与支払報告書を市区町村へ提出した場合、税務署へ給与所得の源泉徴収票を提出したとみなされます。市区町村に提出された給与情報が国税庁へデータ連携される仕組みが整備されるためで、これに伴い、源泉徴収票の提出範囲も給与支払報告書と同じ範囲になります。

これまでは、同じ給与情報について、市区町村へ「給与支払報告書」を、税務署へ「給与所得の源泉徴収票」をそれぞれ提出する必要があり、年末調整後の限られた期間における事務負担となっていました。
今回の改正は、この二重の提出事務を一本化するものです。

適用されるのは令和8年分から（令和9年1月提出分）

適用対象は、令和9年1月1日以後に提出すべき令和8年分以後の「給与支払報告書」および「給与所得の源泉徴収票」です。令和8年分の年末調整に基づき令和9年1月末までに提出する分から適用されますので、本年末の事務からの対応となります。

なお、法令上、「年の途中で退職した従業員」に係る給与所得の源泉徴収票は、「退職の日以後１月以内」に税務署に提出することとされていますが、運用上の取扱いにより、「翌年１月末まで」にそのほかの給与所得の源泉徴収票とまとめて提出してよいこととされています。そのため、令和8年の中途で退職した従業員に係る源泉徴収票についても、令和9年1月1日以後に、そのほかの源泉徴収票とまとめて提出する場合には、この改正が適用されます。

提出方法は問いません（eLTAX・書面いずれも対象）

この特例は、給与支払報告書の提出方法を問わず適用されます。eLTAXによる電子提出でも、書面や光ディスク等による提出でも、市区町村へ給与支払報告書を提出していれば、税務署へ源泉徴収票を提出したものとみなされます。

eLTAX利用によるメリット

令和9年1月以降、eLTAXで提出された給与支払報告書の情報がマイナポータル連携の対象となり、確定申告を行う従業員は給与所得の情報が自動で入力されるようになります。

また、eLTAXの利用によって、事業者の方にとっては以下のようなメリットもあります。

①給与支払報告書の印刷、押印、封入作業の事務負担が軽減されます。
②提出先の市区町村に自動で振り分けて送信されるため、市区町村ごとの仕分け作業が不要となります。
③封入誤りなどの「リスク」が軽減されます。
④給与支払報告書の送付料金や送付作業が削減されます。
⑤給与支払報告書の控え等の資料保管場所が不要となります。
⑥個人住民税特別徴収税額通知（納税義務者用）を電子データで受け取れます。

実務上の留意点の全体像

事務手順を見直すにあたって押さえておきたい点は、「法定調書合計表の取扱い」「本人交付用の源泉徴収票」「給与支払報告書を提出しない従業員がいる場合」の３つに整理できます。順番に見ていきましょう。

法定調書合計表の取扱い

令和9年1月1日以後に提出すべき令和8年分以後の給与支払報告書を市区町村へ提出した場合は、「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」を税務署に提出する必要はありません。

ただし、この合計表は下記6つの法定調書に対応する兼用様式です。

①給与所得の源泉徴収票
②退職所得の源泉徴収票
③報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書
④不動産の使用料等の支払調書
⑤不動産等の譲受けの対価の支払調書
⑥不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払調書

「①給与所得の源泉徴収票」以外の法定調書のいずれかを税務署に提出する場合は、引き続きその調書を記載した合計表を併せて提出しますので、自社が提出している調書の種類を確認しておきましょう。その際、当該合計表には実際に税務署に提出する法定調書について記載していただくことになり、税務署に提出しない「①給与所得の源泉徴収票」に係る記載は不要となりますので、ご留意願います。

本人交付用の源泉徴収票は引き続き必要

今回の改正は、あくまで税務署への提出に関するものです。従業員本人への源泉徴収票の交付義務、および市区町村への給与支払報告書の提出は従来どおり必要です。
なくなるのは税務署への提出のみである、という整理で押さえておくとよいでしょう。

給与支払報告書を提出しない場合の確認

令和5年度税制改正により、給与支払報告書の提出対象外となる「年の中途で退職した者で、その年中の給与支払金額が30万円以下である者」につきましては、給与所得の源泉徴収票の提出対象外となっております。 
この特例は、給与支払報告書を市区町村へ提出した場合に適用されるものです。何らかの事情で給与支払報告書を提出しない従業員がいる場合には、その者に係る源泉徴収票の取扱いを別途確認する必要があります。

おわりに

今回の改正は、事業者にとって事務負担が軽減される内容であり、特別な準備は必要ありません。ただし、年末調整後の事務手順や社内マニュアルに「税務署への源泉徴収票の提出」が組み込まれている場合は、令和8年分から不要になる旨を反映しておきましょう。

【出典・参考】
源泉徴収票のみなし提出の特例　特設ページ｜国税庁